食品微生物实验室主要负责各类微生物项目的检测，主要检测项目有菌落总数、大肠菌群、霉菌、酵母、乳酸菌、双歧杆菌、罐头商业无菌、致病菌（如沙门氏菌、志贺氏菌、溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌等）。
根据这些项目，在实验室设计时均衡考虑，最终确定“回”字型设计方案。各个房间的用途及要求如下：
微生物实验室自成一区，与其他实验室分开，门口设有门禁，只有相关人员刷卡后才能进入。
微生物实验室面积310㎡，设有一间局部百级的细菌检测室，一间真菌检测室，一间致病菌检测室，一间洗刷消毒室，一间霉菌培养室，一间细菌培养室，一间微生物仪器鉴定室，一间培养基制备室，一间菌种保存室。
微生物实验室主洁净实验室自成一区，安排在实验室的靠边角落处。用密封门限制人员的进出，把有洁净要求的房间设置在人员干扰少的地方，把辅助房间设置在外部。考虑微生物试验操作流程，把检测室与洗刷消毒室和培养室相邻，方便人流与物流的分离。为控制人员的出入（人流），只设有一个密封门进入微生物实验室主洁净区，操作人员进入物流走廊然后进入准备间，并从准备间分别经过一更、缓冲进入操作区；经过更衣、风淋、缓冲进入局部百级实验室。物流则由六个传递窗实现。
整个平面布局完全能够满足国家相关规范及实验室使用的要求，充分利用了空间，按照实验操作流程配备了各种功能的房间，操作线路方便快捷。
2.围护结构、装潢装饰
实验室主题框架为彩钢板玻璃隔断，颜色为哑白色。隔断普通玻璃厚度为8MM,为防止沉积灰尘，窗料使用R25MM铝合金圆弧压线；所有二维连接处的内侧均使用R50MM铝合金内圆角，暴露在外的二维连接线的外侧则用R100MM铝合金外角连接；
彩钢板的三维连接处使用三维接点过度，而彩钢板与墙角地面则用铝合金槽连接。吊顶材料亦为彩钢板。微生物检测室地面为环氧树脂材料，具有无缝隙、耐腐蚀、平整、容易清洗的特征。地面地脚线用阴角铝材装饰，美观且严密性好。
整个实验室通过科学设计，精心施工，使实验室内形成坚固、无缝、平滑、美观、不反光、不积尘、不生锈、防潮、抗菌、性能优良的无菌表面和内壳。
实验室除了解决空气净化的问题以外，设计时还考虑了一些必备的实验室器具：
互锁式传递窗：保证了实验室物流的安全性。窗内有紫外灯可将污染过的物品拿出实验室前进行消毒。还保证了室外和室内空气的隔绝，方便实验人员的物品传递；
互锁门：本设计为洁净室设置的电子互锁，当其中一扇门未关时，另外一扇门将无法打开，这样就对进入洁净室内的气流起到缓冲作用。互锁门还设有应急开关，当发生意外时，按应急开关方便实验室人员尽快撤离现场；
多功能微电脑控制仪：包括温度调节和显示、送排风机的起停、照明开关、紫外灯控制等等；
微压差表：可显示室内外压差量，并人为按要求控制压差；
人体热释红外感应器：可感应人体热量，自动开启风机送出洁净风并自动延时关闭，方便实验人员使用和节省电源；
洗眼器和感应水龙头：实验人员眼睛万一接触危险物质时冲洗眼睛，感应水龙头可自动感应人体热量，放水并自动关闭。
根据中华人民共和国卫生行业标准WS233-2002《微生物和生物医学实验室安全通用准则》以及国家标准GB19489-2004《实验室生物安全通用要求》，生物安全实验室分为一级、二级、三级、四级，习惯上称为P1、P2、P3、P4。二级生物安全实验室对人体、动植物或环境具有中等危害或具有潜在致病因子，对健康成人、动物和环境不会造成严重危害，具有有效的预防和治疗措施。P2万级实验室即洁净度10000级，是指大于等于0.5μm的尘粒数在350000至3500000粒/立方米；大于等于5μm的尘粒数在3000至30000粒/立方米。
净化空调系统能够做到控制实验室内温度、尘埃、细菌、有害气体的浓度和气流分布，保证室内人员所需新风量和室内合理的气流流向，并能维持整个微生物实验室合适的梯度压力和定向流动，全面实现“无菌环境保障体系”的目的，减少实验全过程中一切潜在的感染危险。
生物安全柜
适用范围：生物安全等级P1～P3级的样品，允许样品含有挥发性有毒化学物质或化学气体，应用于高危险微生物以及有害物质。
全自动高压蒸汽灭菌器
电子锁门,双感应排气系统,自动程序启动,自动保温，灭菌容积达到50L，自动化程度高，安全、方便、快捷。
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