志贺氏菌属细菌的形态与一般肠道杆菌无明显区别，为革兰氏阴性杆菌，长约2-3μ m ,宽0.5- 0.7μm 不形成芽胞，无荚膜，无鞭毛，有菌毛。DNA的G+C为49-53克分子%（Tm法）。
需氧或兼性厌氧。营养要求不高，能在普通培养基上生长，最适温度为37℃，最适pH为6.4-7.8。37℃培养18-24小时后菌落呈圆形、微凸、光滑湿润、无色、半透明、边缘整齐，直径约2nm。宋内氏菌菌落一般较大，较不透明，并常出现扁平的粗糙型菌落。在液体培养基中呈均匀浑浊生长，无菌膜形成。
本菌属都能分解葡萄糖，产酸不产气。大多不发酵乳糖，仅宋内氏菌迟缓发酵乳糖。靛基质产生不定，甲基红阳性，VP试验阴性，不分解尿素，不产生H2S。根据生化反应可进行初步分类。
志贺氏菌属的细菌对甘露醇分解能力不同，可分为二大组。
A、不分解甘露醇组：
主要为志贺氏菌
靛基质阳性（1、3、4、5、6、9、10型）
靛基质阴性（2、7、8型）
B、分解甘露醇组：
包括福氏、鲍氏、宋内氏菌。
分解乳糖的宋内氏菌
不分解乳糖的福氏和鲍氏菌。
后者进一步再根据靛基质产生与否，分为:靛基质阳性（福氏菌1、2、3、4、5型和鲍氏菌5、7、9、11、13、15型）
靛基质阴性（福氏菌6型和鲍氏菌1、2、3、4、6、8、10、12、14）。
抗原构造与分型：志贺氏菌属细菌的抗原结构由菌体抗原（O）及表面抗原（K）组成。主要抗原有三种。
型特异性抗原
型多糖抗原为菌体抗原的一种，是光滑型菌株所含有的重要抗原。当菌株变为粗糙型时，此抗原也常随之消失，各菌型所含的型抗原不同，可用于区别菌种的型别。
群特异性抗原
为光滑型菌株的次要抗原，也是菌体抗原的一种。特异性较低，常在数种近似的菌内出现。在福氏菌株中，由于所含群抗原不同，可将某些菌型分为多种亚型，如福氏菌2型，根据群抗原不同，可分成2a、2b两个亚型。
表面抗原（K抗原）
在新分离的某些菌株菌体表面含有此种抗原。不耐热，加热100℃1小时即被破坏。具有此种抗原的菌株，可阻止菌体抗原与相应免疫血清发生凝集。
根据抗原构造的不同，按最新国际分类法，将本属细菌分为四个群、39个血清型（包括亚型）（见表二）
表二志贺氏菌属抗原的分类
A群：也称志贺氏菌群，有10个血清型。不发酵甘露醇，无鸟氨酸脱羧酶，与其他各群细菌无血清学联系。
B群：也称福氏菌群，已有13个血清型（包括亚型和变种）。最近又发现3个亚型（1c、4c、5b）。发酵甘露醇无鸟氨酸脱羧酶。抗原结构较复杂，各型间有交叉凝集。每一福氏菌型具有二种抗原，即型特异性抗原和群抗原，前者只存在于同型菌株中，后者有许多种，存在于福氏各菌型中。例如福氏1b型除含有1型特异性抗原外，尚含有4、6群抗原。
C群：也称鲍氏菌群，有15个血清型，分解甘露醇，无鸟氨酸脱羧酶。各型内无交叉凝集。
D群：也称宋内氏菌群，仅有一个血清型。分解甘露醇，有鸟氨酸脱羧酶，迟缓发酵乳糖。有Ⅰ、Ⅱ相之分。
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