(1)从革兰氏染色来分：
细菌可分为革兰氏阳性菌和 革兰氏阴性菌
革兰氏阳性菌中，比较有代表性是金黄色葡萄球菌和单核李斯特氏菌。金黄色葡萄球菌革兰氏染色后，在显微镜下呈紫色的圆形菌；单核李斯特氏菌革兰氏染色后，在显微镜下呈紫色的杆形菌。
革兰氏阴性菌中，比较有代表性是大肠杆菌，革兰氏染色后，在显微镜下呈红色的小短杆形菌。
革兰氏染色的原理：革兰氏染色法是细菌学检测工作中应用最为广泛的一种染色方法。
但其原理至今尚未完全阐明。所有研究者的共同认为与下述因素有关：a)细菌细胞壁结构上的差异，革兰氏阳性菌细胞壁的结构较致密，肽聚糖层厚，含脂质少，乙醇不易透入。因此，染料和碘的复合物不易为乙醇所溶出。革兰氏阴性菌细胞壁的结构疏松，肽聚糖层薄，含大量脂质，乙醇容易透入而脱色。若革兰氏阳性菌细胞壁缺损，其染色性可变为阴性。b) 革兰氏阳性菌含有核糖核酸镁盐，易和结晶紫-碘复合物结合而不易脱色。c) 革兰氏阳性菌等电点在PH2-3，比阴性菌(PH4-5)为低，因此，阳性菌和碱性染料的结合力比阴性菌强。
(2)从形态来分，可分为：
球菌：典型的有金黄色葡萄球菌
杆菌：大肠杆菌
弧菌：霍乱弧菌
(3)从需氧和厌氧性来分：
需氧菌：大肠杆菌
兼性菌：沙门氏菌
厌氧菌：产气荚膜梭菌
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