吸潮，导致培养基状态发生改变
对于干粉培养基而言，在某些空气湿度较大的地域，或者在空气湿度较大的季节，如果使用后没有及时闭合包装，长时间与空气接触，极易发生吸潮现象，导致培养基含水量升高，粘度增大，发生结块现象或变色现象。
以XLD培养基为例，培养基干粉在受潮结块、受潮变色、和正常的干燥均匀三种情况下，呈现截然不同的状况
不当保存导致成分变质，造成培养基失效
某些培养基中的某些成分，在不适当的保存条件下，发生热解、光解等化学反应，导致培养基组分发生改变，影响培养基失效。
以SS琼脂为例，其中的中性红指示剂见光易分解，如果长时间将培养基置于光照条件之下，中性红分解，造成平板颜色变黄，影响培养基正常使用、判断
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