食品生产用水比生活饮用水的微生物要求更为严格。这是因为生产用水 中若存在嗜冷营养腐生菌和其他水生生物，能引起冷藏或其他食品的严重腐败。为有 效地控制生产用水中的微生物数量，对生产用水进行氯气处理是必要的。如罐头食品厂 的冷却水需要用氯气消毒(罐头食品厂的水常常进行强制性氯处理，而不用自来水直接作 冷却水）
球衣菌-纤发菌-嘉利翁氏菌族具有鞘或 附件的微生物有时也会对水造成污染，应加以重视。除了一些假单胞菌和不动细菌外，这 些菌中还有一些细菌会阻塞工厂的供水系统而造成供水中断；有些菌还能引起水的腐败 和变质，从而使低酸性果汁和冰棒等透明的产品变浑浊,黏度增大。这些微生物的分离和 鉴别可参考伯杰手册
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