目前PCR 技术已应用于微生物检测有三种方法：
（1）使用一套特异性的引物或一套由一个特异引物和一个普通引物所组成的引物，此种PCR 技术仅产生一种产物。
（2）用任意引物，得到一群长短不一的DNA 片段混合物，即RAPD — PCR(随机扩增多态DNA 分析多聚酶链反应技术)，此方法可以鉴别出腐败菌的种及其亚种。
（3）嵌套多聚酶链反应技术，由于某些微生物会对PCR 产生干扰，研究者对PCR 技术做了进一步的开发，这就是嵌套多聚酶链反应技术的应用。该技术区别于以上两种方法的机理在于操作中需要两套引物，第一套用于产生扩增的D N A 片段，此片段中含有第二轮PCR 引物的结合位点，第一轮反应产物被等分转入第二轮P C R 引物，扩增靶D N A。
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