通常按发酵中某一方面的情况，人为地分类为如下几种方式：
1）按对氧需要或不需要：好氧发酵和厌氧发酵
2）按培养基是液态还是固态：液态发酵和固态发酵
3）按发酵是在培养基的表面或深层进行：表面发酵和深层发酵
4）按发酵是间歇性或连续进行：分批发酵和连续发酵
5）按菌种是否被固定在载体上：游离发酵和固定化发酵
6）按菌种是单一还是混合的菌种：单一纯种发酵和混合发酵
现代发酵工业大多数是好氧、液体、深层、分批、游离、单一纯种发酵方式结合进行。
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