当胞外菌突破人体的皮肤和粘膜第一道防线后，在组织中首先遇到据守第二道防线的中性粒细胞对它们吞噬。若病菌毒力不强、数量不多，则会被消灭，不会形成感染。组织中的补体等体液因素对病菌也有一定作用，但作用不如吞噬细胞。如果第二道防线不够坚固，不能完全阻挡病菌，则由病菌诱发的第三道防线，即获得性免疫防御功能投入战斗。对付胞外菌，主要是特异性体液免疫防御功能。抗体是体液免疫的产物，它们具有多种功能。IgG类抗体有调理病菌减小其毒力，促进和加强中性粒细胞对病菌的吞噬、杀灭作用；IgM、IgG类抗体与病菌结合后，可以激活补体系统，产生攻膜复合体，有杀死或溶解病菌作用；分泌型IgA类抗体存在于肠道、呼吸道等粘膜表面，可以阻止病菌在这些部位的停留定殖，有预防作用；分泌型IgA类抗体也可在初乳中出现，所以也有将母体的免疫力传递给婴儿的作用；抗毒素是针对细菌外毒素的抗体，这种抗体具有中和外毒素的作用。
参与胞外菌特异性细胞免疫的T细胞主要是CD4- Th2细胞。它们除协同B细胞产生抗体外，尚能产生一些细胞因子，引起局部炎症，促进巨噬细胞吞噬和杀伤作用，指引和活化中性粒细胞等。胞外菌侵入人体后，要通过上述人体的三道防线，受到先天的和后天获得的两种免疫系统的防御，大多数不形成感染，或形成后最终消失，患者康复；但有些胞外菌可以通过不同机制来逃避机体的防御功能。例如肺炎链球菌等在胞壁外形成抗吞噬的荚膜；淋病奈瑟氏菌的菌毛不断发生突变，使原有的抗菌毛抗体无效；流感嗜血杆菌等产生IgA蛋白酶，降解宿主粘膜表面的分泌型IgA抗体；福氏志贺氏菌能诱导巨噬细胞凋亡等，应引起人们的重视。
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