DNA碱基组成的测定 G+C mol%含量不同的细菌，为不同种细菌；含量相同的可能为不同种的细菌。细菌的G+C mol%相当稳定，不受培养条件、菌龄和其他外界因素影响。最常用的方法是热变性法。
DNA-DNA杂交 DNA杂交可得出DNA之间核苷酸顺序的互补程度，从而推断不同细菌基因组间的同源性。
16S rRNA同源性分析 rRNA-DNA杂交、16S rRNA序列测定、16S-23S rRNA序列测定
此外限制性内切酶长度多态性分析（RFLP）、脉冲场凝胶电泳（PFGE）、随机引物扩增法（RAPD）等技术常用于菌株间的差异比较。
2.细菌种属特异基因
某些基因为细菌种特有或属共有，通过对这些基因的检测可以鉴定细菌的种或属。如编码吸附和侵袭上皮细胞表面蛋白的inv基因：invA、invB、invC、invD、invE等是一组只存在于致病性沙门菌中的独特的保守基因序列。鞭毛蛋白dlh基因通常只存在于伤寒沙门菌；IS6110、IS986插入片段为结核分枝杆菌复合群所拥有等。
3.细菌毒力基因
可以测定霍乱弧菌的霍乱毒素基因、产肠毒素大肠埃希菌的耐热（ST）和不耐热肠毒素（LT）以及白喉棒状杆菌的外毒素基因以示相应的细菌存在。
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