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致泻性大肠埃希氏菌能使人类致病，监诊表现主要为严重腹泻，多数表现为败血症。根据血清型别、毒力和所致临床症状可分为产肠毒素性大肠埃希氏菌（ETEC）、肠致病性大肠埃希氏菌（EPEC）、肠侵袭性大肠埃希氏菌（EIEC）、肠出血性大肠埃希氏菌（EHEC）以及肠粘附性大肠埃希氏菌（EAEC）五类。
分子流行病学分型方法：
血清型分型技术：包括O、K、H、F四种抗原。O抗原共171种，其中162种与腹泻有关，是分群的基础。K抗原103种。从病人新分离的大肠埃希氏菌多有K抗原。根据耐热性等不同，K抗原分为L、A、B三种，其中L、B不耐热，有60种。F抗原至少有5种，与大肠埃希氏菌的粘附作用有关。血清型的表示方式可按O：K：H排列，例如O：K：H如O111：K58（B4）：H2；O：K如O8：K88；O：H如O168：H27。
脉冲场电泳（PFGE）分型：用核糖体分型和脉冲肠电泳技术，对急性分泌型腹泻病人中分离的ETEC病原菌分析，血清型相同的ETEC菌株具有遗传异质性，不同血清型的ETEC菌株其PFEG型一致。美国国家公共卫生实验室已完成了PFGE的标准化流程的制定。 随机引物扩增DNA多态性（RAPD）和扩增片段长度多态性（FAFLP）分析分型技术：用随机扩增多态性DNA技术（RAPD）分析，发现具有相同表型特征的ETEC菌株，用分子生物学分型方法能揭示菌株间的差异，这些差异往往在不能在对ETEC的表型中显示出来。有学者认为FAFLP比PFGE具有更高的鉴定能力，扩增片段可精确到±1bp。
噬菌体分型：目前，通过对噬菌体感受性的不同，已获得80余种噬菌体型。
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