环境pH可引起细胞膜电荷的变化，从而影响微生物对营养物质的吸收，影响代谢过程中酶的活性；改变营养物质的可给性和有害物质的毒性。介质的pH不仅影响微生物的生长，甚至影响微生物的形态。
各种微生物有其最适pH值和一定的pH范围。强酸强碱对一般微生物有致死作用。通常，酵母菌和霉菌适宜pH4～6的环境，放线菌适宜pH为7.5～8，细菌则为6.5～7.5。
嗜酸菌，如氧化硫硫杆菌（Thiobacillus thiooxidans）最适pH2～3.5；结核杆菌则抗强碱。
微生物代谢活动会改变环境pH值，所以培养基中往往要加缓冲剂，对于要求pH6.5～7.5的微生物，常用缓冲剂为磷酸盐；要求碱性时，一般用硼酸盐或甘氨酸为好；若要求pH＞9，则可用重碳酸盐；微酸性，用柠檬酸盐；pH＜4.5，可用柠檬酸盐、乙酸盐或二甲基戊酸盐。
尽管不同微生物对环境pH值有不同要求，但各种微生物细胞内的pH值都十分接近中性。与最适温度一样，微生物生长繁殖的最适pH与其合成某种代谢产物的最适pH常不一致，在生产实践中，按需要改变pH值，可提高生产效率。
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