二、真菌
霉菌、酵母菌、以及大型真菌如蘑菇等皆为真菌，均属真核微生物。它们种类繁多，形态各异、大小悬殊，细胞结构多样。由于霉菌和酵母菌在生物学特性、研究方法、以及它们在自然界的分布和作用，对动物、植物和人类的有益、有害效应等方面均与细菌相似，故有关真菌方面的研究霉菌和酵母菌较为详细。
1. 霉菌
霉菌（mold）是一些“丝状真菌”的统称，不是分类学上的名词。霉菌菌体均由分枝或不分枝的菌丝（hypha）构成。许多菌丝交织在一起，称为菌丝体（mycelium）。菌丝在光学显微镜下呈管状，直径约为2~10?m，比一般细菌和放线菌菌丝大几到几十倍。霉菌菌丝有两类（图2-26）：1）无隔膜菌丝，整个菌丝为长管状单细胞，细胞质内含有多个核。其生长过程只表现为菌丝的延长和细胞核的裂殖增多以及细胞质的增加。如根霉、毛霉、犁头霉等。2）多数为有隔膜菌丝，菌丝由横隔膜分隔成成串多细胞，每个细胞内含有一个或多个细胞核。有些菌丝，从外观看虽然像多细胞，但横隔膜上有小孔，使细胞质和细胞核可以自由流通，而且每个细胞的功能也都相同。如青霉菌、曲霉菌、白地霉等绝大多数霉菌菌丝均属此类。
在固体培养基上，部分菌丝伸入培养基内吸收养料，称为营养菌丝；另一部分则向空中生长，称为气生菌丝。有的气生菌丝发育到一定阶段，分化成繁殖菌丝。
霉菌在自然界分布极广，土壤、水域、空气、动植物体内外均有它们的踪迹。它们同人类的生产、生活关系密切，是人类实践活动中最早认识和利用的一类微生物。现在，霉菌在发酵工业上广泛用来生产酒精、抗生素（青霉素、灰黄霉素）、有机酸（柠檬酸、葡萄糖酸、延胡索酸等）、酶制剂（淀粉酶、果胶酶、纤维素酶等）、维生素、甾体激素等。在农业上用于饲料发酵、植物生长刺激素（赤霉素）、杀虫农药（白僵菌剂）等。腐生型霉菌在自然界物质转化中也有十分重要的作用。另外，霉菌也是造成许多食品霉变变质的主要原因。例如，据统计全世界平均每年由于霉变而不能食（饲）用的谷物约占2%，这是一笔相当惊人的经济损失。
冬虫夏草
又称虫草、冬 关于冬虫夏草的人工栽培研究进展较快，可以利用深层发酵培养菌丝体，其培养物用干保健品和制药。利用深层发酵培养菌丝体，其培养物用干保健品和制药。
2. 酵母菌
酵母菌（yeast）是一群单细胞的真核微生物。这个术语也是无分类学意义的普通名称，通常用于以芽殖或裂殖来进行无性繁殖的单细胞真菌，以与霉菌区分开。极少数种可产生子囊孢子进行有性繁殖。
在光学显微镜下，大多数酵母菌为单细胞，一般呈卵圆形、圆形、圆柱形或柠檬形。大小约为1~5×5~30 mm，最大可达100 mm。各种酵母菌有其一定的大小和形态，但也随菌龄和环境条件而异。即使在纯培养中，各个细胞的形状、大小亦有差别。有些酵母菌细胞与其子代细胞连在一起成为链状，成为假丝酵母（图 2-27）。
酵母菌与人类生活关系也十分密切，在酿造、食品、医药工业等方面占有重要地位。另外，酵母菌细胞蛋白质含量高达细胞干重的50%以上，并含有人体必需的氨基酸，所以酵母菌可以成为食品和饲料的重要补充。当然，酵母菌也常给人类带来危害。腐生型酵母菌能使食品、纺织品和其它原料腐败变质，少数嗜高渗压酵母菌如鲁氏酵母（Saccharomyces rouxii）、蜂蜜酵母（Saccharomyces mellis）可使蜂蜜、果酱败坏；有的酵母菌还可引起人和植物的病害。例如白假丝酵母（Candida albicans，又称白色念珠菌）可引起皮肤、粘膜、呼吸道、消化道以及泌尿系统等的多种疾病。而新型隐球酵母（Cryptococcus neoformans）还能引起慢性脑膜炎、肺炎等疾病。
三、藻类
藻类（algae）是指除苔藓植物和维管束植物以外，基本上有叶绿素，可进行光合作用，并伴随放出氧气的一大类真核生物，它们大多属于只有通过显微镜才能观察到个体形态的微生物。但也有一些藻类个体很大，例如大的海藻可长达若干英尺。
藻类的大小、形态有很大差别（图2-28），许多是单细胞的，也有些藻类是单细胞的群体。有些群体可以是由分裂后单个的、相似的细胞互相粘连而成的简单聚集，也可能是由具有特殊功能的，分化了的不同细胞所组成，它们变得很复杂，而且表面结构类似于高等植物。
藻类在自然界，特别是各种水体中广泛存在，常常是影响水质的重要原因。例如有些自来水的怪味就是在供水系统中生长的藻类引起的，而藻类在近海的大量繁殖，也会由于水中氧气的大量消耗而引起鱼类和其它海洋生物的窒息、死亡，形成对渔业生产影响极大的赤潮。
四、原生动物
原生动物（Prokaryote）是一类缺少真正细胞壁，细胞通常无色，具有运动能力，并进行吞噬营养的单细胞真核生物。它们个体微小，大多数都需要显微镜才能看见。
原生动物在自然界，特别是海水、淡水中大量存在，它们也与各种动植物在不同组织水平上形成共生体，有些对宿主无害，有些对宿主有利，有些对宿主有害。也有一些原生动物能引起人类疾病。
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