生物最基本的分类单位是种(species)、其上是属（genns）、科（family）、目（order）、纲（class）和门（phyllum）等。门、纲、目、科、属名的字首字母要大写，除属名外不印成斜体字。属、种名印刷用斜体字下划线。如酿酒酵母在分类系统中的归属情况为
门：真菌门 Eumycophyta
纲：子囊菌纲 Ascomyeetes
亚纲：原子囊菌亚纲 Protoascomycetes
目：内孢霉目Endomyctales
科：内孢霉科Endomycetaceae
亚科：酵母亚科Sacchromycetoideae
属：酵母属Sacchromyces
种：酿酒酵母S.cerevisiae Hansen
微生物的命名，与其他生物一样，采用国际上通用的双名法，学名通常由一个属名加一个种的加词构成。出现在分类学文献中的学名，往往还加上首次定名人（外加括号）、现名定人和现名定名年份，但在一般使用时，这几个部分总是省略的。
例如，由Ehrenberg于1838年定名为Vibrio subtilis（枯草弧菌）的细菌，到1872年，Cohn发现弧状不是该菌的特征，它的特征是杆状具芽孢，故将它转到芽孢杆菌属，称为枯草芽孢杆菌（简称枯草杆菌），其学名为Bacillus subtilis(Ehrenberg)Cohn1872。再如，可使许多科的植物生肿瘤的土壤杆菌属细菌称为根癌土壤菌，学名为Agrobacterium tumefaciens(Smith&Townsend)Conn1972;寄居于温血动物肠道下部的埃希氏菌属细菌称为大肠埃希氏菌（简称大肠杆菌），其学名为Excherichia coli(Migula) Castellani&Chalmers1919；葡萄球菌属呈金黄色葡萄球菌，学名为Staphylococcus aureus Rosenbach1884；呈铜绿色的假单胞菌（即绿脓杆菌）学名为 Pseusomonas aeruginosa(Schroeter)Migula1920。
有时，从自然界分离到的某一微生物纯种，与典型的特征不完全符合，而不相符的这一特性又是稳定的，则将这种微生物称为典型种的变种（variety，简称var）。在实验室里获得的变异型则称为亚种(subspecies，简称subsp)。
变种或亚种的学名按“三名法”构成。
例如，有一种芽孢杆菌，能产生黑色素，其余特征与典型的枯草杆菌完全符合，该菌学名为Bacillus substilis var.niger（枯草芽孢杆菌黑色变种）。
同种不同来源的微生物纯培养，称为菌株（strain）。菌株的名称都放在学名（即属名和种的加词）的后面，可用字母、符号、编号等自行决定。例如Ｂ.subtilis AS1.398和B.subtilisBF7.658是枯草杆菌的两个菌株，前者可生产蛋白酶，后者生产α－淀粉酶。
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