（一）形态结构
HCV为直径30—60nm的球形颗粒，有包膜。在感染的宿主体内有4种形式，即完整HCV颗粒、不完整的HCV颗粒与免疫球蛋白或脂蛋白结合的颗粒和由感染细胞释放的含HCV成分的小泡。
根据世界各地分离的HCV毒株，可将HCV分为6种基因型、11个亚型。在世界不同地方有不同的优势基因型，欧美各国流行株多为I型，我国以II型为主，东南亚等以III、IV型为主，这种多基因型可能由于在慢性感染过程中病毒经历了核酸序列变化，基因的多样性与临床疾病的差异有关系。
（二）HCV基因组
HCV基因组是单股正链RNA，全长约9379-9381kb，仅含有单一的ORF，由9个基因区组成，几乎跨越整个基因组。自5端开始依次为5NCR、C区（核心蛋白）、E1区（包膜蛋白）、E2（包膜蛋白）NS1区、NS2、NS3、NS4、NS5及3NCR。其中：NS1区内存在基因。5NCR对病毒复制及病毒蛋白转译有重要的调节作用，其核苷酸序列最保守，病毒株间差异小，可用于基因诊断。C区和E区为结构编码区，分别编码病毒的核心和包膜蛋白。核心蛋白具有强的抗原性，可诱发机体产生抗-C抗体，几乎存在于所有丙型肝炎患者血清中，且持续时间较长，有助于HCV感染的诊断。E区为HCV基因中变异最大的部位，在不同的分离株中核苷酸差异可达30%左右，由于包膜蛋白抗原性改变而逃避免疫细胞及免疫分子的识别，这是HCV易引起慢性肝炎的主要原因，也是HCV疫苗研制的一大障碍。NS1-NS5区为非结构编码区，编码非结构蛋白及酶类，如NS3编码病毒蛋白酶和解旋酶，NS5编码依赖RNA的RNA多聚酶。3NCR对HCV RNA结构稳定性的维持及病毒蛋白翻译有重要功能。各型HCV ORF长度有所差别，主要由E2及NS5基因的插入或缺失突变所致。
（三）培养特性
黑猩猩是研究HCV感染的可靠动物模型，其感染过程、急性期的表现、宿主的免疫应答及长期感染的后果，与人类HCV感染的临床和免疫学特征十分相似。用于HCV研究的其他动物还有狨猴、猕猴等，但结果均不如黑猩猩满意。HCV的细胞培养迄今也未成功。
（四）抵抗力
HCV对各种理化因素的抵抗力较弱，对酸、热不稳定，对氯仿、乙醚等有机溶剂敏感，紫外线照射、用1:1000甲醛溶液、沸水煮5min、20%次氯酸等均可使其感染性丧失。60℃30h可完全灭活血液或血制品中的HCV。
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