微生物污染是导致食品腐败变质的首要原因，生产中必须采取综合措施才能有效地控制食品的微生物污染。
(一）加强生产环境的卫生管理
食品加工厂和畜禽屠宰场必须符合卫生要求，及时清除废物．垃圾．污水和污物等；生产车间．加工设备及工具要经常清洗．消毒，严格执行各项卫生制度。操作人员必须定期进行健康检查，患有传染病者不得从事食品生产；工作人员要保持个人卫生及工作服的清洁。生产企业应有符合卫生标准的水源．
(二）严格控制加工过程中的污染
自然界中微生物的分布极广，欲杜绝食品的微生物污染是很难办到的。因此，在食品加工．贮藏．运输过程中尽可能减少微生物的污染，对防止食品腐败变质就显得十分重要。远用健康无病的动植物原料，不使用腐烂变质的原料．采用科学卫生的处理方法进行分割．冲洗；食品原料如不能及时吃力需采用冷藏．冷冻等有效方法加以贮藏．避免微生物的大量繁殖。食品加工中的灭菌条件，要能满足商业灭菌的要求。使用过的生产设备．工具要及时清洗．消毒。
(三）注意贮藏．运输和销售卫生
食品的贮藏、运输及销售过程中也应防止微生物的污染，控制微生物的大量生长；采用合理的贮藏方法，保持贮藏环境符合卫生标准。运输车辆应做到专车专用，有防尘装置，车辆应经常清洗消毒。
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