微生物活性的强弱和微生物数量的多少是影响微生物修复的一个重要因素。用于微生物修复的微生物可分为3类：土著微生物、外来微生物和基因工程菌。
（1）土著微生物
生活在土壤环境中的微生物称为土著微生物。
目前大多数微生物修复工程中应用的微生物都是土著微生物。这是因为一方面土壤中本身就存在着种类繁多、数量巨大的微生物，因此降解污染物的潜力巨大；另一方面也是受到接种的外来微生物在环境中难以保持较高的活性以及基因工程菌应用受到严格限制的影响。
（2）外来微生物
土著微生物生长较慢，活性不强，针对性差。如果能针对性地接种一些降解污染物的高效菌，则处理效果更好。实践证明，确实如此。接种外来微生物时，会受到土著微生物的竞争，因此接种量要大，迅速使其成为优势种群，从而加快污染物的分解速率。
（3）基因工程菌
采用基因工程技术，将可以降解不同污染物的不同基因转入到同一微生物中，同时降解多种污染物。这项工作引起人们极大的兴趣。从理论上讲，接入基因工程菌，可能要比简单接种特定微生物的效果好得多。但它同样要遇到与土著微生物激烈竞争的矛盾，同时还要特别考虑到基因工程菌的安全性问题，因此要认真对待。
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