外源质粒的存在一方面将大量消耗细胞代谢的中间产物和能量，将不可避免地降低含质粒细胞的生长速率；另一方面也将促进质粒及宿主细胞发生突变，突变的结果要么使质粒丢失，要么使质粒表达蛋白质能力下降，这体现了宿主细胞的自我保护功能，突变的结果是生长速率增加。因此在基因工程菌培养时，从严格的意义上说，不能算是纯种培养，而是含不同质粒（包括不含质粒）细胞的混合培养，它们以不同的生长速率生长，互相竞争营养物质。由于不含质粒、少含质粒或突变的细胞生长速率快，在长期的培养过程中它们将具有生长优势，比例不断增加。不含质粒细胞的生长优势，将不利于提高蛋白质产物表达水平。通过在质粒中加入选择性标记，如抗生素抗性标记，就可以抑制不含质粒细胞的生长，保证含质粒细胞占优势，提高目标蛋白质产物的表达水平。
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