芽孢，是部分细菌在生长发育后期于细胞内形成的休眠构造，其特点是呈圆形或椭圆形、厚壁、含水量低、抗逆性强。
芽孢没有繁殖功能，能产芽孢的细菌种类也很少，主要是G+细菌的两个属——好氧性的芽孢杆菌属和厌氧性的梭菌属。
芽孢可以称得上是生命界中抗逆性最强的构造，具有非常强劲的抗热、抗化学药物、抗辐射性能。比如，肉毒梭菌的芽孢置于沸水中要经过最少五小时才会失去活性；巨大芽孢杆菌的抗辐射能力要比E.coli细胞强36倍。芽孢的休眠能力也是十分惊人的，在常规生存环境中，其生命通常可以维持几年至几十年，也有文献记载有的芽孢可休眠数千年。
芽孢的结构是比较复杂的，我们可以对此作如下归纳说明：
1、孢外壁
主要成分是脂蛋白，透性比较差。孢外壁是部分芽孢含有的结构，有些芽孢没有这一层。
2、芽孢衣
主要成分是疏水性角蛋白，能够抵抗酶解和药物，多价阳离子很难通过。
3、皮层
主要成分是芽孢肽聚糖和DPA-Ca，体积比较大，渗透压高，含水量较大。
4、芽孢的核心构造，包括芽胞壁、芽孢质膜、芽孢质、核区。
芽胞壁含有肽聚糖，能够发展为新细胞的细胞壁；
芽孢质膜含有磷脂和蛋白质，能够发展成新细胞的膜；
芽孢质含有DPA-Ca、核糖体、RNA以及酶类；
核区含有DNA。
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