缩酚酸肽类抗生素的羟基和酮酸取代基来源于几种氨基酸的转氨反应，得到相应的酮酸，然后再经过氧化脱羧反应产生碳链缩短了一个碳原子的羧酸。离子载体缬氨霉素（Ionophore valinomycin）和蒽镰霉素B（Enniantin B）的α-酮基β-异缬草酸基反应和吡啶霉素的α-酮基β-甲基缬草酸基反应就属于这一类。从色氨酸开始，通过类似的一系列反应可以得到咔唑霉素（Carbazomycin）A和B的吲哚环。苏氨酸通过氨基丙酮和酮丙醇路线代谢为乳酸，缬氨霉素的乳酸基团就来源于此。多肽类抗生素宜他霉素（Etamycin）分子中的3-羟基吡啶甲酸则是赖氨酸分解代谢生成乙酰乙酸的中间产物哌啶-2-羧酸的脱氢产物。
在次级代谢产物的合成途径中，第一个反应往往是氨基酸的β羟基化反应，这在初级代谢反应中只见于有机酸，典型例子有：
① p-羟基苯甘氨酸的合成，这是所有dalbaheptide 抗生素和诺卡杀菌素的一个组成部分，是从酪氨酸β羟基化或经一系列的反应得到的；
② 链丝菌素F（Streptothricin F）的Streptolidine结构是精氨酸经β羟基化再氧化为β酮精氨酸后成环得到的多环衍生物；
③ p-氨基苯丙氨酸的β-羟基化是氯霉素生物合成的第一步反应；
④ β羟基亮氨酸是远霉素（Telomycin）和亮可他汀（Leucostatins）的结构成分。
事实上，其他抗生素生物合成的第一步也可以用β-羟基化解释，只是细胞很难吸收外源性的β羟基化氨基酸，因而难以通过实验方法证实。
另外，在黑色素（Melanin）的生物合成途径中，酪氨酸的芳香环上羟基化生成二羟基苯丙氨酸，随后将氮结合到环上形成吡咯环。林可霉素和恩霉素分子结构中的烷基脯氨酸则是从酪氨酸反应得到的，吡咯烷环是从丙氨酰链环化而成，而芳香环开环降解后形成了脂肪烃侧链。
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