这类反应与初级代谢产物本身的代谢途径有关，如氨基酸的合成和分解、核苷酸代谢、糖转化及辅酶合成等。
所获得生物合成中间产物的功能是：
① 通过进一步的修饰从单一初级代谢产物合成抗生素；
② 与其他中间产物缩合形成复杂分子，合成方法与某些辅酶（如叶酸、辅酶A或醌蛋白的辅基等）合成类似；
③ 通过类型Ⅱ反应与几个类似的代谢物缩合。
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