有害有毒污染物的种类很多，能将它们降解的微生物也就千差万别。本节将就几种典型的并具有实际应用价值的微生物及它们降解的污染物作一简单介绍，它们是：代谢含硫化合物的硫细菌、代谢含氯有机化合物的微生物、降解木质素和多环芳烃的微生物。
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