细菌的细胞质中常含有各种颗粒，大多为细胞的储藏物。内含物的多少随菌龄和培养条件不同而有较大变化。其成分主要为糖类、脂类、含氮化合物及无机盐等。常见的内含物主要有以下几种。
① 异染颗粒，又称捩转菌素。最早在迂回螺菌中发现，呈强碱性，可被甲苯胺兰、次甲基兰等蓝色碱性染料染成红色，呈现出所谓因光异色现象。其主要成分为多聚偏磷酸盐，是线状分子。功能是储存磷元素和能量。当环境(培养基中缺乏磷时，它可作为磷的补充源，也可降低胞的渗透压。白喉杆菌和鼠疫杆菌具有特征性异染颗粒，因此异染颗粒在菌种鉴定中有一定作用。
② 聚β-羟丁酸,简称PHB,是许多细菌细胞质内常含有的碳源类储藏物，不溶于水，易被脂溶性染料，如苏丹黑着色。它具有储藏碳源、能源和降低细胞内渗透压的作用。PHB是相容性较好的生物材料，可制成易降解且无毒的医用塑料器皿和外科用的手术针和缝线。
③ 肝糖原和淀粉粒。肝糖原和淀粉粒都是α-1,4，或α-1,6,糖苷键的葡萄糖聚合物。细菌的多糖贮存物通常较均匀地分布在胞内，颗粒较小，只能在电镜下观察到。若这类贮存物大量存在时，可以用碘使其染色，并在光学显微镜观测到。肝糖原的链短、分枝多，而且颗粒较小，可被碘液染成红色，而淀粉的链长、分枝少，可被碘液染成蓝色。
④ 硫滴，某些硫细菌，如贝氏硫细菌和丝硫细菌等自养细菌的细胞内常含有强折光性的硫滴。它是硫元素的储藏体，也可被这些细菌作为能源利用。纳米比亚硫磺珍珠菌是目前已知的最大细菌，巨大的胞体使它们有足够的空间储存至少3个月的营养物。
⑤ 脂肪粒，折光性也很强，可被脂溶性染料染色。细胞生长旺盛时，脂肪粒数量随之增多，细胞遭破坏后，脂肪粒可游离出来。
⑥ 液泡，许多活细菌细胞内有液泡，可用中性红染色。液泡内充满水和盐，有时还有异染颗粒和类脂等。液泡具有调节渗透压的功能，还可与细胞质进行物质交换。
⑦ 磁小体，磁性细菌能合成磁铁，并将其储存在称为磁小体的有膜小泡中。磁性内含物使这些细菌会对磁场做出反应。游向磁极的行为称为趋磁性。趋磁行为可以帮助这些厌氧菌向食物(铁氧化物) 丰富而氧气较少的沉积物方向运动。
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