有少部分的芽孢杆菌在产生芽孢的同时，会在芽孢旁产生呈菱形或者双锥形的碱溶性蛋白质晶体，我们把它叫做伴孢晶体。
伴孢晶体是一种蛋白质毒素，其毒性是高度专性的，它对鳞翅目、双翅目等昆虫和动植物线虫有毒杀性，但对其他动植物没有毒性，因此可以将芽孢杆菌制成理想的杀虫剂，即对人畜、害虫的天敌以及植物无害，对环境有保护作用的生物农药。
伴孢晶体的杀虫原理是：
害虫吞食伴孢晶体后，肠内的碱性消化液先将其分解释放出蛋白质毒素，再由毒素与中肠上皮细胞的蛋白质受体特异结合，导致细胞膜上有小孔出现并引起细胞死亡，随后中肠中的碱性内含物和菌体、芽孢都进入血管腔，最终昆虫因败血症死亡。
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