芽孢，是部分细菌在生长发育后期于细胞内形成的休眠构造，其特点是呈圆形或椭圆形、厚壁、含水量低、抗逆性强。
芽孢没有繁殖功能，能产芽孢的细菌种类也很少，主要是G+细菌的两个属——好氧性的芽孢杆菌属和厌氧性的梭菌属。
芽孢可以称得上是生命界中抗逆性最强的构造，具有非常强劲的抗热、抗化学药物、抗辐射性能。比如，肉毒梭菌的芽孢置于沸水中要经过最少五小时才会失去活性；巨大芽孢杆菌的抗辐射能力要比E.coli细胞强36倍。芽孢的休眠能力也是十分惊人的，在常规生存环境中，其生命通常可以维持几年至几十年，也有文献记载有的芽孢可休眠数千年。
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