真核微生物是指细胞核具有核膜、能进行有丝分裂、细胞质中存在线粒体或同时存在叶绿体等细胞的微小生物。主要包括真菌、显微藻类、原生动物，其中真菌又可细分为酵母菌、丝状真菌（又称霉菌）、担子菌。
1、酵母菌
酵母菌是一类真核微生物的俗称，一般具有五个特征：个体一般以单细胞状态存在；多数以出芽方式繁殖，也有的可行列殖或产子囊孢子；能发酵糖类而产能；细胞壁常含甘露聚糖；喜在含糖较高、酸性的水生环境中生长。发酵工业中，常利用酵母能分解碳水化合物，产生酒精和CO2等的性能可以用来酿酒、制作面包。
2、霉菌
凡是在营养基质上能形成绒毛状、网状或絮状菌丝体的真菌通称霉菌。传统发酵的酱、酱油、豆腐乳、酒酿等都是利用霉菌较强的糖化和蛋白水解能力。近代发酵工业中，霉菌被用来生产酒精、有机酸（柠檬酸、乳酸、衣康酸）、抗菌素（青霉素、灰黄霉素）、植物生长激素（赤霉素）、杀虫农药（白僵菌剂）、除莠剂（鲁保一号菌剂）。不少霉菌具有较强和完整的酶系，也可利用其直接发酵产生糖化酶、蛋白酶、纤维素酶和果胶酶等酶制剂。
3、担子菌
担子菌纲是真菌中做高级的一个纲，包括蘑菇、木耳、马勃和鬼笔等。担子菌没有明显的生殖器官，两性的接合是由未经分化的菌丝接合，或孢子接合，而且接合时，只行质配，并不立即发生核配，以锁状联合的方式形成新的双核细胞。两性细胞核在形成担孢子之前才发生核配，随即进行减数分裂，产生单倍体的担孢子。
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