培养基的配制原则针对不同的微生物，不同的营养要求可以有不同的培养基。但是，它们的配制必须遵循一定的原则。
（1）营养物质应满足微生物的需要
不同营养类型的微生物对营养的需求差异很大，应根据所培养菌种对各营养要素的不同要求进行配制。针对四大类微生物，一般可以采用现成配方的培养基。如细菌采用肉汤蛋白胨培养基、放线菌采用高氏一号合成培养基、酵母采用麦芽汁培养基及霉菌采用查氏合成培养基。
(2）营养物的浓度及配比应恰当
营养物的派度太低，则不能满足微生物生长的需要，浓度太高，又会抑制微生物的生长。如糖和盐都是良好的营养物质，但是，浓度升高，则有抑菌作用。
(3）物理化学条件适宜
① pH值
各类微生物一般都有其生长繁殖的最适pH值。细菌的最适pH值一般在7.0~8.0，放线菌在pH7.5~8.5间，酵母菌在pH13.8~6.0间，霉菌在pH14.0~5.8之间。对于具体的微生物菌种来说，它们都有各自特定的最适pH值范围，有时会大大突破上述界限。
在微生物生长繁殖过程中的代谢产物会引起培养基pH值改变，尤其是不少微生物有很强的产酸能力，如不适当地加以调节，就会抑制甚至杀死其自身。培养基的灭菌过程也会引起培养基pH值变化。高温处理过程中，一些大分子发生分解，造成PH值下降。
② 其他
培养基的其他物化指标也将影响微生物的培养。培养基中水的活度应符合微生物的生理要求；大多数微生物适合在等渗的环境下生长，而有些细菌如金黄色葡萄球菌，则能在3mol/L NaCl的高渗溶液中生长。
(4）根据培养的目的
培养基的成分直接影响着培养的目标。在设计培养基时必须考虑是要培养菌体，还是要积累菌体代谢产物，是实验室培养还是大规模发酵等问题。
用于培养菌体的种子培养基营养成分应丰富，尤其是氮源含量宜高，即碳氮比值低。相反，用于积累大量生产代谢产物的发酵培养基，其氮源一般应比种子培养基稍低。当然，若发酵产物是含氮化合物时，有时还应该提高培养基的氮源含量。
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